Benutzt du denn ein regelbares Gerät oder einen mechanisches? Weil soweit ich weiß sagen dir die meisten geregelten Boxen wenn die Akkus zu unausgeglichen geladen sind.

Das sind dann 0.1 V bei dir, das sollte noch keine Probleme machen.
Bei 0.4 V - 0.5 V fängt es dann an kritisch zu werden, dann steigen die internen Ausgleichströme.
Wenn die Akkus frisch geladen sind, sollten sie schon die gleichen Werte haben.
Das wäre dann ein Hinweis, dass der Akkus mit der niedrigeren Spannung so langsam sein Lebensende erreicht.

Ich würde mal sagen daß 0,2 Volt Zellendrift noch ok wäre. Wenn's mehr wird sollte man sich Gedanken machen.

Allerdings, wenn du mal nach "Zellendrift" googelst gibt es hunderte unterschiedliche Meinungen dazu.

Beim Stacking wird IMMER der obere Akku etwas mehr belastet als der Untere, darum hast du am Ende immer einen Akku etwas weiter entladen.
0,09 Volt Unterschied ist wirklich kein Problem, aber eine genaue Grenze, wie weit die auseinander liegen dürfen lässt sich nicht ohne genaue Kenntnis von einem Dutzend weiteren Parametern bestimmen.

Effektiv geht es darum, dass auch der obere Akku unter Last nicht unter seine Mindestspannung fällt.
Wie hoch die ist hängt vom Akku ab, es gibt welche die können nicht unter 3 Volt, andere gehen bis 2,5 Volt und noch andere sogar bis 2,0 Volt.
Wie viel ein Akku unter Last einbricht hängt vom verwendeten Akku und der Last ab.
Je windiger der Akku und je höher die Last desto tiefer der Einbruch.

Als einfaches Beispiel, was du natürlich an deine tatsächliche Konfiguration anpassen musst, sagen wir, du dampfst 30 Watt, was inkl. Verlustleistung der Elektronik so etwa 5 Ampere Last entspricht.
WENN die Elektronik bei einer Gesamt-Leerlaufspannung der beiden Akkus von 6,4 Volt abschaltet und WENN die Akkus unter 5A Last um 0,7 Volt (pro Stück) einbrechen, dann wird der obere Akku kurz vor leer unter Last garantiert unter 2,5 Volt fallen.
WENN die Elektronik bei einer Gesamt-Leerlaufspannung der beiden Akkus von 6,6 Volt abschaltet und WENN die Akkus unter 5A Last um 0,7 Volt (pro Stück) einbrechen, dann wird auch der obere Akku immer über 2,5 Volt bleiben, solange die beiden Akkus nicht mehr als 0,2 Volt auseinander laufen.
Entsprechend wird der obere Akku auch immer über 2,5 Volt bleiben, wenn der Einbruch nur 0,6 Volt ist und die Elektronik bei 6,4 Volt abschaltet.

Edit @zabriska
Ausgleichsströme gibt es bei gestackten Akkus nicht, sowas kommt nur bei Parallelschaltungen vor.

Zitat von zabriska im Beitrag #4

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Bei 0.4 V - 0.5 V fängt es dann an kritisch zu werden, dann steigen die internen Ausgleichströme.

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Zitat von MarkPhil im Beitrag #6

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Beim Stacking wird IMMER der obere Akku etwas mehr belastet als der Untere, darum hast du am Ende immer einen Akku etwas weiter entladen.

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Warum das so ist kann ich dir physikalisch nicht begründen, aber wenn du das mal in der Praxis beobachtest, dann wirst du feststellen, dass von 2 Akkus in Reihe nach einer Weile Nutzung der Obere immer etwas weiter entladen ist als der Untere.
Ganz drastisch siehst du das bei den kleinen AA-Zellen aus der TV-Fernbedienung (falls du dafür Akkus verwendest), da ist oft der untere Akku noch fast voll, wenn der Obere leer ist.

Krasse Gschichte. Hab ich noch nie beobachtet und ich glaubs dir ehrlich gesagt auch (erstmal) nicht. Aber interesssant find ich die These trotzdem, ich werd das bei Gelegenheit mal untersuchen. Die Frage wäre jetzt: Was meinst du mit oben? Ist das die Zelle, bei der der Pluspol Kontakt zum Gerät hat?

Richtig, oben ist die Zelle die in der Reihenschaltung mit ihrem Minuspol oben auf dem Pluspol der unteren Zelle sitzt.
Ich habs gerade vor 10 Minuten erst wieder bestätigt bekommen, weil die Akkus in einer meiner Fernbedienungen leer waren.
Nagelneue, identische Zellen, waren vor der Nutzung mit einem Opus 3100 Ladegerät präzise gleich aufgeladen und hatten nach Nutzung, beim Einlegen ins Ladegerät 1,01 Volt und 1,13 Volt.

Edit: NOCH drastischer siehst du das bei in Reihe geschalteten Knopfzellen.
Ich habe aus China ein paar Weihnachtsengel mit LED-Beleuchtung drin, die brauchen jeweils 3 Knopfzellen in Reihe.
Da ist in aller Regel die unterste Zelle nur so wenig belastet, dass ich die 3x wieder verwenden kann, während ich nur die oberen beiden Zellen austausche.